ETCレーンの車線運用については、ETCの導入効果が最大限発揮されるよう基本的に専用運用（「ETC専用」の表示）を行なうこととしております。しかしながら、ETCレーンの専用運用を行なうことにより他の一般レーンで渋滞が発生し、その渋滞が料金所広場を越えるような場合にはETC車も渋滞に巻き込まれてしまい、結果として料金所への到着が遅くなります。このような場合には、なるべく早く渋滞を解消させるためETC車、一般車の双方が早く料金所を通過できるようETCレーンをやむを得ず混在運用（「ETC／一般」の表示）としていることがあります。
また、一見渋滞していないのに混在運用している場合もありますが、これは混在運用していれば渋滞は発生しないものの専用運用に切り替えるとたちまち著しい渋滞が発生するような状況にある場合や、車群の切れ目にあたるときであり、このような状態を完全に解消することは難しいものと考えています。
なお、この他にもETC機器の保守点検などによりETCレーンを一般運用（「一般」の表示）、もしくは閉鎖している時間帯もあります。東／中／西日本高速道路株式会社としましては、ETCご利用のお客さまの利便を図るため、できるだけ専用運用に努めていきますので、ご理解をお願いします。
